器官（きかん、organ）とは、生物のうち、動物や植物などの多細胞生物の体を構成する単位で、形態的に周囲と区別され、それ全体としてひとまとまりの機能を担うもののこと。生体内の構造の単位としては、多数の細胞が集まって組織を構成し、複数の組織が集まって器官を構成している。
動物の器官は、臓器（ぞうき）とも呼ばれる。内臓はより狭い概念で、体の内部に位置するものだけを指した呼び方。
同じような機能をもった器官や、全体として一連の機能を担う器官を、器官系としてまとめて考えることがある。一つの器官が複数の働きを持っているときには、複数の器官系に属することもある。器官系には、
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などがある。各記事には、それぞれに含まれる器官の一覧がある。